Es dificil y poco preciso, diagnosticar un problema asi de oidas. Pero asi como lo explicas, me da la sensacion de que puede ser que la base de los pedales, este algo suelta.
Segun sean las vibraciones, tambien puede ser debido al mal equilibrado del embrague, que a ciertas revoluciones produzca vibraciones, pero eso lo deberia hacer siempre, incluso en parado y punto muerto, subelo de revoluciones a ver si vibra. (en este caso deberias notar la vibracion, tambien en la palanca de cambio). Si no vibra en parado, tendra algo que ver con algun otro equilibrado, ya sea direccion o ruedas.
Si fuera algun soporte del motor, notarias la vibracion mas generalizada, y no solo en los pedales.
En principio comprueba la base de los pedales, a ver que tal.
Si lo has comentado en el taller, supongo que habran echo una prueba en marcha.
Saludos